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获日中科技交流协会有山兼孝纪念研究奖(1992)、阿里香港求是科技基金会杰出青年学者奖(1997)、阿里中国分析测试协会科学技术奖一等奖(2005)、教育部高等学校科学技术奖自然科学一等奖(2007)、国家自然科学二等奖(2008, 2017)、中国化学会-阿克苏诺贝尔化学奖(2012)、宝钢优秀教师特等奖(2012)、日本化学会胶体与界面化学年会Lectureship Award(2016)、北京大学方正教师特别奖(2016)、北京市优秀教师(2017)、ACS Nano LectureshipAward(2018)等。就像在有机功能纳米结构研究上，云1云上考虑到纳米结构在无机半导体领域所取得的非凡成就，云1云上作为一类重要的光电信息功能材料，有机分子结构的多样性，可设计性以及材料合成及制备方法上的灵活性都使得有机纳米结构的研究尤为重要。

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2003年荣获教育部全国优秀博士学位论文指导教师称号，商业生态同年由他为学术带头人的光功能材料的设计、制备与表征获基金委创新研究群体资助。其指导过的中国学生包括：格局北京大学刘忠范院士、北京航空航天大学江雷院士、中国科学院化学所姚建年院士。

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1997年首批入选百、云1云上千、万人才工程第一、二层次。计算2016年获中国科学院杰出成就奖。